3年前的8月31日，巨大的宇宙飞船“母舰”突然袭击东京，世界似乎即将结束。之后，绝望的状况逐渐融入日常生活，母舰漂浮在上空的异样景象成为理所当然的。在那之中，女高中生小山门出和“小丹”中川凰兰和班主任老师渡良濑和亲密的朋友们一起过着不经意的学生生活……
